Penulis menyadari bahwa buku ini mempunyai keterbatasan-keterbatasan. Keterbatasan yang paling mencolok terletak pada sumber datanya yang hanya berupa sumber-sumber pustaka (literer). Akibatnya, data tentang pengaruh fundamentalisme terhadap pendidikan Ikhwan al-Muslimin tidak lengkap, mencakup seluruh unsur sebuah sistem pendidikan yang terdiri dari tujuan, guru, siswa, kurikulum, metode, sistem evaluasi, dan sarana prasarana.

Buku atau tulisan yang lebih sempurna patut dilakukan dengan mendasarkan pada data-data yang diperoleh melalui teknik observasi langsung dan wawancara dengan tokoh-tokoh terkait. 

Pendekatan, metode analisis, dan karakteristik yang digunakan dalam buku ini diharapkan dapat dijadikan acuan bagi buku-buku lain di masa mendatang.